随着代理行业的发展与市场环境的变化，代理记账行业在整体蓬勃的生态链下，同样不可避免的存在一些问题。
　　（一）从业人员的素质良莠不齐
　　代理记账机构之所以成为中小型企业的首选，是因为其能提供专业化的服务却收取较低的服务费用。而代理记账机构服务费用低，也一定程度上决定了代理记账机构内会计从业人员的工资低。一个代理记账公司需要大量的会计人员，低工资也一定程度上意味着代理记账行业从业人员的门槛低，导致了会计从业人员的质量参差不齐。此外代理记账公司业务繁多，由于时间紧迫，很多会计人员都没有经过正规的岗前培训，毫无经验，直接上手;还有相当一部分是老会计或者是已经退休的老会计，他们有着丰富的工作经验，但是随着年龄的增大，学习新东西的能力也逐渐退化，对于会计制度的更新和会计处理的变化很难及时把握。
　　（二）行业内存在不良竞争
　　随着代理记账行业的火热，代理记账机构如雨后春笋一样，越来越多。但是当资本进入市场，受大环境的影响，为了能够在激烈的竞争中生存下去，必须要有大量的客户资源，否则很难维持企业的正常运转。于是整个行业就变成了：你家一年最低多少钱？他家一年最低多少钱？为了自身的利益和企业的继续生存，一些代理记账公司盲目的压价，低价竞争，造成了整个行业内秩序混乱。
　　（三）存在道德风险的可能性
　　很多中小企业想减少企业的运营成本，要求代理记账机构为其少报税、非法避税甚至偷税漏税，而很多缺乏职业道德的代理公司为了保住客源，就会答应客户的不合法要求，明知道是违法操作却还会去做。其次，代理记账人员所接触到的客户的公司财务都是属于客户公司的重要核心数据，对公司的经营发展有着至关重要的作用，存在一些会计人员被利益蒙蔽，违背自己的职业操守泄露商业机密。
　　（四）内部人员职责不清晰
　　这一问题之所以存在，是因为代理记账机构寻求最低成本的弊端。大的代理记账机构在更为公开化的监管下相较于小的代理记账机构而言，弊端相对小一些，而那些小的代理记账公司常见的是资金不足、从业人员稀缺，所以也就造成了一人多职，职位无序轮换，甚至一人全职现象的存在，很明显，这对委托方和国家的财政收入都会造成不同程度的负面影响。
　　（五）品牌意识不强
　　虽然代理记账行业在中国短短二十几年就发展的如此快速，代理记账机构的数量逐年增加，但是，代理记账行业毕竟是后期的新兴行业，发展历史短，对于许多小型的经济组织，特别是群体庞大的个体工商户，他们对代理记账行业知之甚少，缺乏了解，自身又比较谨慎，与代理机构相比，他们可能更偏向于私人兼职记账工作，对代理记账这种新兴的财务处理模式的财务安全缺乏信任。代理记账机构的负责人大多为会计专业出身，对于营销宣传并不在行，虽然政府有意向社会普及宣传，但是所做的措施并不多，普及面也不夠。
　　（六）从业人员流动性大
　　代理记账行业的普通从业人员工资水平并不高，这是造成人员流动的一部分原因;其次对于一部分高学历高素质的专业会计人员，会选择代理记账机构来积累社会实践经验，等到业务操作能力成熟之后就会选择离开寻找更好的发展平台;同样对于很多应届毕业生而言，代理记账公司就是他们初入这个行业的踏脚石和实习场所;甚至代理记账公司还会有兼职人员。这样就导致公司人员流动非常大，离职工作交接很容易出错或者不及时，这样不仅容易增加劳力成本还容易出错，对委托公司也极其不负责任。